宝安区共有6个水库和1条河流被划为水源保护区，分别是：铁岗－石岩水库、长流陂水库、罗田水库、鹅颈水库、茜坑水库和观澜河。各水源保护区的情况如下：

一、铁岗水库－石岩水库水源保护区

铁岗水库位于宝安区西乡街道，石岩水库位于石岩街道，两水库已通过供水明渠相连。铁岗水库－石岩水库水源保护区指铁岗水库和石岩水库的集雨区范围，主要包括宝安区的石岩街道、西乡街道九围、黄麻布、新安街道上合部分地区、公明街道玉律部分地区以及南山区西丽街道牛成，保护区总面积108.02平方公里。本水源保护区分为一级保护区、二级保护区和准保护区。

二、长流陂水库水源保护区

长流陂水库位于宝安区沙井街道，水源保护区范围包括沙井街道新桥、黄埔部分地区和公明街道玉律部分地区，正常蓄水位22.90米，保护区面积8.14平方公里。

本水源保护区分为一级保护区和二级保护区。

三、罗田水库水源保护区

罗田水库位于深圳市宝安区松岗街道与东莞市交界，正常蓄水位31.75米，保护区面积9.16平方公里（指深圳市境内的流域范围）。本水源保护区分为一级保护区和二级保护区。

四、鹅颈水库水源保护区

鹅颈水库位于光明街道东南与石岩街道水田交界，正常蓄水位55.00米，保护区面积5.45平方公里。本水源保护区分为一级保护区和二级保护区。

五、茜坑水库水源保护区

茜坑水库水源保护区范围主要包括宝安区大浪街道部分地区和观澜街道茜坑，正常蓄水位70.00米，保护区面积3.87平方公里。本水源保护区全划为一级保护区。

六、观澜河流域水源保护区

观澜河流域水源保护区范围包括宝安区龙华街道、观澜街道（除君子布村外）和光明街道白花，以及龙岗区布吉街道的坂田、岗头和雪象，保护区面积198.15平方公里。本水源保护区分为一级保护区、二级保护区和准保护区。